Detaljert virussammensetning

Tarmviromet er samlingen av alle virusene som finnes i tarmen din.

Langt fra å være et tegn på sykdom, er de aller fleste av disse virusene bakteriofager («bakterieetere») som ikke infiserer menneskelige celler, men snarere regulerer bakteriepopulasjoner.

Denne analysen evaluerer mangfoldet av disse regulatoriske midlene og oppdager virale kostholdsmarkører som fungerer som indikatorer på ernæringskvalitet.

Når vi tenker på virus, tenker vi vanligvis på influensa eller infeksjoner. Imidlertid huser tarmen din billioner av virus som er avgjørende for helsen din. Disse organismene danner den såkalte "mørke materien" i mikrobiomet, på grunn av deres store ukjente og kompleksitet. Hovedkomponentene vi analyserer er:

• Bakteriofager (Fager): De er de naturlige "rovdyrene" til bakterier. De fungerer som et kvalitetskontrollsystem, og infiserer og eliminerer spesifikke bakterier hvis disse vokser for mye. Et mangfoldig virom antyder et dynamisk og godt kontrollert bakterieøkosystem.
• Plantevirus: Det mest kjente er Pepper Mild Mottle Virus (PMMoV). Det er et virus som infiserer paprika og chili. Det påvirker ikke mennesker, men å finne det i prøven din er et utmerket tegn: det viser at du spiser ekte grønnsaker og ikke bare bearbeidede.

Selv om de ikke infiserer cellene dine, har viromet en indirekte, men dyptgående innvirkning på fysiologien din:

• Regulering av økosystemer (rovdyr-byttedyr-modell): Fager forhindrer at én enkelt bakterieart dominerer tarmen. Hvis en bakterie vokser ukontrollert, formerer dens spesifikke fager seg og reduserer populasjonen, noe som opprettholder biodiversitet.
• Genoverføring: Virus kan transportere gener fra en bakterie til en annen. Dette kan være gunstig (overføring av metabolske evner) eller skadelig (overføring av antibiotikaresistensgener), så overvåking av "viromet" er nøkkelen til klinisk sikkerhet.
• Trans-rike immunitet: Nyere forskning tyder på at noen fager kan binde seg til slimlaget i tarmen og danne en forsvarsbarriere som beskytter menneskelig vev mot bakteriell invasjon.

Studiet av viromet representerer den tekniske grensen for metagenomikk. I motsetning til bakterier (som har 16S-genet) eller sopp (ITS), deler ikke virus et universelt markørgen, noe som gjør det umulig å oppdage dem med konvensjonelle tester. Bare dyp Shotgun-sekvensering gjør det mulig å gjenvinne deres genetiske sekvenser.

Vår bioinformatikk-pipeline bruker spesialiserte virale databaser for først å filtrere ut menneskelig og bakterielt DNA. Deretter identifiserer vi virale sekvenser gjennom homologi med kjente familier (Siphoviridae, Myoviridae, Podoviridae) og spesifikke "kryptiske" virus med høy menneskelig prevalens, som crAssphage (til stede i 50 % av verdens befolkning og en markør for menneskelig forurensning) og PMMoV (kostholdsmarkør). Tilstedeværelse/fravær og relativ overflod av den kartleggbare virale fraksjonen rapporteres.