Szczegółowy Skład Wirusowy

Wirus jelitowy to zbiór wszystkich wirusów obecnych w Twoich jelitach.

Wbrew pozorom, zdecydowana większość tych wirusów to bakteriofagi („pożeracze bakterii”), które nie infekują ludzkich komórek, lecz regulują populacje bakteryjne.

Ta analiza ocenia różnorodność tych czynników regulujących i wykrywa wirusowe markery pokarmowe, które służą jako wskaźniki jakości odżywczej.

Kiedy myślimy o wirusach, zazwyczaj myślimy o grypie lub infekcjach. Jednak Twoje jelita zawierają biliony wirusów, które są niezbędne dla Twojego zdrowia. Organizmy te tworzą tzw. "Ciemną Materię" mikrobiomu, ze względu na ich słabą znajomość i złożoność. Główne składniki, które analizujemy, to:

• Bakteriofagi (Fagi): Są naturalnymi "drapieżnikami" bakterii. Działają jak system kontroli jakości, infekując i eliminując określone bakterie, jeśli te nadmiernie się rozmnożą. Różnorodny wirom sugeruje dynamiczny i dobrze kontrolowany ekosystem bakteryjny.
• Wirusy Roślinne: Najsłynniejszym jest Pepper Mild Mottle Virus (PMMoV). Jest to wirus, który infekuje paprykę i chili. Nie szkodzi ludziom, ale znalezienie go w Twojej próbce to doskonały znak: pokazuje, że jesz prawdziwe warzywa, a nie tylko przetworzone produkty.

Chociaż nie infekują twoich komórek, wirom ma pośredni, ale głęboki wpływ na twoją fizjologię:

• Regulacja Ekosystemu (Model Drapieżnik-Ofiara): Fagów zapobiegają dominacji pojedynczego gatunku bakterii w jelicie. Jeśli jedna bakteria wymknie się spod kontroli, jej specyficzne fagów rozmnażają się i zmniejszają jej populację, utrzymując różnorodność biologiczną.
• Przenoszenie Genów: Wirusy mogą przenosić geny z jednej bakterii do drugiej. Może to być korzystne (przenoszenie zdolności metabolicznych) lub szkodliwe (przenoszenie genów oporności na antybiotyki), dlatego monitorowanie "wiromu" jest kluczowe dla bezpieczeństwa klinicznego.
• Odporność Między Królestwami: Niedawne badania sugerują, że niektóre fagów mogą przylegać do warstwy śluzowej jelita, tworząc barierę obronną, która chroni ludzką tkankę przed inwazją bakteryjną.

Badanie wiromu stanowi techniczną granicę metagenomiki. W przeciwieństwie do bakterii (które mają gen 16S) lub grzybów (ITS), wirusy nie posiadają wspólnego uniwersalnego genu markerowego, co uniemożliwia ich wykrycie za pomocą konwencjonalnych testów. Tylko głębokie sekwencjonowanie Shotgun pozwala na odzyskanie ich sekwencji genetycznych.

Nasz potok bioinformatyczny wykorzystuje wyspecjalizowane wirusowe bazy danych do wstępnego odfiltrowania DNA ludzkiego i bakteryjnego. Następnie identyfikujemy sekwencje wirusowe na podstawie homologii ze znanymi rodzinami (Siphoviridae, Myoviridae, Podoviridae) oraz specyficzne, "kryptowe" wirusy o wysokiej częstości występowania u ludzi, takie jak crAssphage (obecny u 50% populacji światowej i marker zanieczyszczenia ludzkiego) oraz PMMoV (marker dietetyczny). Zgłaszana jest obecność/brak oraz względna obfitość możliwego do zamapowania fragmentu wirusowego.