Detaljerad virussammansättning

Tarmviromet är samlingen av alla virus som finns i din tarm.

Långt ifrån att vara ett tecken på sjukdom är de allra flesta av dessa virus bakteriofager ("bakterieätare") som inte infekterar mänskliga celler, utan snarare reglerar bakteriepopulationer.

Denna analys utvärderar mångfalden av dessa reglerande agenter och upptäcker dietiska virala markörer som fungerar som indikatorer på näringskvalitet.

När vi tänker på virus tänker vi oftast på influensa eller infektioner. Men din tarm hyser biljoner virus som är avgörande för din hälsa. Dessa organismer utgör det som kallas "Mörk Materia" i mikrobiomet, på grund av deras stora okändhet och komplexitet. De huvudsakliga komponenterna vi analyserar är:

• Bakteriofager (Fager): Dessa är de naturliga "rovdjuren" för bakterier. De fungerar som ett kvalitetssäkringssystem och infekterar och eliminerar specifika bakterier om de växer för mycket. Ett varierat virom tyder på ett dynamiskt och välkontrollerat bakterieekosystem.
• Växtvirus: Det mest kända är Pepper Mild Mottle Virus (PMMoV). Det är ett virus som infekterar paprika och chili. Det påverkar inte människor, men att hitta det i ditt prov är ett utmärkt tecken: det visar att du äter riktiga grönsaker och inte bara processade.

Även om de inte infekterar dina celler, har viromet en indirekt men djupgående inverkan på din fysiologi:

• Reglering av ekosystem (rovdjur-bytesdjur-modell): Fagerna hindrar en enda bakterieart från att dominera tarmen. Om en bakterie växer okontrollerat, förökar sig dess specifika fagocyter och minskar dess population, vilket bibehåller biologisk mångfald.
• Genöverföring: Virus kan transportera gener från en bakterie till en annan. Detta kan vara fördelaktigt (överföring av metaboliska förmågor) eller skadligt (överföring av antibiotikaresistensgener), så övervakning av "viromet" är avgörande för klinisk säkerhet.
• Trans-rikes immunitet: Nyligen genomförda undersökningar tyder på att vissa fagocyter kan fästa vid tarmslemhinnan och bilda en försvarsbarriär som skyddar mänsklig vävnad mot bakteriell invasion.

Studiet av viromet representerar metagenomikens tekniska frontlinje. Till skillnad från bakterier (som har genen 16S) eller svampar (ITS), delar virus inte en universell markörgen, vilket gör det omöjligt att upptäcka dem med konventionella tester. Endast djup Shotgun-sekvensering möjliggör återhämtning av deras genetiska sekvenser.

Vår bioinformatiska pipeline använder specialiserade virala databaser för att först filtrera bort humant och bakteriellt DNA. Därefter identifierar vi virala sekvenser genom homologier med kända familjer (Siphoviridae, Myoviridae, Podoviridae) och specifika "kryptiska" virus med hög mänsklig prevalens, såsom crAssphage (närvarande i 50 % av världens befolkning och en markör för mänsklig kontaminering) och PMMoV (en kostmarkör). Närvaro/frånvaro och relativ abundans av den mappbara virala fraktionen rapporteras.