Детальный вирусный состав

Кишечный виром — это совокупность всех вирусов, присутствующих в вашем кишечнике.

Далеко не являясь признаком болезни, подавляющее большинство этих вирусов — это бактериофаги («пожиратели бактерий»), которые не заражают человеческие клетки, а регулируют популяции бактерий.

Этот анализ оценивает разнообразие этих регулирующих агентов и обнаруживает диетические вирусные маркеры, которые служат индикаторами пищевой ценности.

Когда мы думаем о вирусах, мы обычно думаем о гриппе или инфекциях. Однако в вашем кишечнике обитают триллионы вирусов, которые необходимы для вашего здоровья. Эти организмы образуют так называемую "Темную материю" микробиома из-за их малой изученности и сложности. Основные компоненты, которые мы анализируем:

• Бактериофаги (Фаги): Это естественные "хищники" бактерий. Они действуют как система контроля качества, заражая и уничтожая определенные бактерии, если они размножаются слишком сильно. Разнообразный виром предполагает динамичную и хорошо контролируемую бактериальную экосистему.
• Вирусы растений: Самый известный из них — Pepper Mild Mottle Virus (PMMoV). Это вирус, который поражает перцы и чили. Он не влияет на людей, но обнаружение его в вашем образце — отличный знак: это означает, что вы едите настоящие овощи, а не только обработанные продукты.

Хотя они и не заражают ваши клетки, вируом оказывает косвенное, но глубокое воздействие на вашу физиологию:

• Регуляция экосистемы (модель "хищник-жертва"): Фаги не дают одному виду бактерий доминировать в кишечнике. Если бактерии начинают бесконтрольно размножаться, их специфические фаги также размножаются и сокращают их популяцию, поддерживая биоразнообразие.
• Перенос генов: Вирусы могут переносить гены от одной бактерии к другой. Это может быть как полезным (перенос метаболических возможностей), так и вредным (перенос генов устойчивости к антибиотикам), поэтому мониторинг "вирома" является ключом к клинической безопасности.
• Трансрегальная иммунитет: Недавние исследования показывают, что некоторые фаги могут прикрепляться к слизистой оболочке кишечника, образуя защитный барьер, который защищает ткани человека от вторжения бактерий.

Изучение вирома представляет собой техническую границу метагеномики. В отличие от бактерий (у которых есть ген 16S) или грибов (ITS), вирусы не имеют общего универсального генного маркера, что делает невозможным их обнаружение с помощью обычных тестов. Только глубокое секвенирование Shotgun позволяет получить их генетические последовательности.

Наш биоинформатический конвейер использует специализированные вирусные базы данных для первоначальной фильтрации ДНК человека и бактерий. Затем мы идентифицируем вирусные последовательности по гомологии с известными семействами (Siphoviridae, Myoviridae, Podoviridae) и специфическими "скрытыми" вирусами с высокой распространенностью у человека, такими как crAssphage (присутствует у 50% мирового населения и является маркером человеческого загрязнения) и PMMoV (диетический маркер). Сообщается о наличии/отсутствии и относительной численности картируемой вирусной фракции.