Dysbiose à Protéobactéries

Le phylum Proteobacteria inclut une grande variété de bactéries, parmi lesquelles se trouvent les pathogènes les plus connus (E. coli, Salmonella, Klebsiella). Dans un intestin sain, elles doivent être maintenues à des niveaux très bas. Leur expansion ou "bloom" est le marqueur clinique le plus fiable de dysbiose et d'instabilité intestinale, indiquant souvent un environnement inflammatoire ou riche en oxygène où les bactéries bénéfiques ne peuvent survivre.

Pour comprendre ce marqueur, il faut penser à l'oxygène. Votre gros intestin devrait être un environnement anaérobie (sans oxygène). 99 % de vos bonnes bactéries (comme Faecalibacterium ou Bifidobacterium) meurent si elles sont exposées à l'oxygène.

Les Protéobactéries, en revanche, peuvent vivre sans oxygène mais préfèrent vivre avec lui (anaérobies facultatives). Lorsque votre intestin s'enflamme, le tissu libère de l'oxygène et des nitrates. Cela agit comme un promoteur pour les Protéobactéries, qui se multiplient rapidement, déplaçant les bonnes bactéries qui meurent avec l'oxygène. C'est pourquoi avoir beaucoup de Protéobactéries peut être considéré comme un signal d'alarme indiquant que le "climat" de votre intestin a changé et est devenu hostile à la flore saine.

Une charge élevée de Protéobactéries a des conséquences systémiques immédiates :

• Inflammation Chronique (Endotoxémie) : La paroi cellulaire des Protéobactéries est composée de lipopolysaccharides (LPS), l'une des toxines les plus puissantes pour le système immunitaire. Lorsque ces bactéries meurent ou se multiplient, elles libèrent du LPS qui peut passer dans le sang, provoquant fatigue, inflammation de bas grade et résistance à l'insuline.
• Instabilité de l'Écosystème : Un niveau élevé indique que l'intestin est un environnement instable. Cela facilite la transformation de toute infection alimentaire en problème chronique.
• Troubles Digestifs : Elle est fréquemment associée à la diarrhée, aux gaz malodorants (dus aux composés soufrés) et aux douleurs abdominales de type colique, symptômes typiques du syndrome de l'intestin irritable (SII) post-infectieux.

Cette analyse quantifie l'abondance relative totale du phylum Proteobacteria, en accordant une attention particulière à la famille Enterobacteriaceae (classe Gammaproteobacteria).

D'un point de vue écologique, les Proteobactéries se comportent comme des stratèges "r" (croissance rapide dans des environnements instables), à la différence des Firmicutes/Bacteroidetes qui sont des stratèges "K" (croissance stable dans des environnements saturés). L'analyse métagénomique permet de distinguer si une augmentation est due à des espèces commensales inoffensives (Sutterella) ou à des pathobiontes avec des facteurs de virulence (Escherichia, Shigella, Klebsiella).