Composition Virale Détaillée

Le Virome Intestinal est la collection de tous les virus présents dans votre intestin.

Loin d'être un signe de maladie, l'immense majorité de ces virus sont des bactériophages ("mangeurs de bactéries") qui n'infectent pas les cellules humaines, mais régulent les populations bactériennes.

Cette analyse évalue la diversité de ces agents régulateurs et détecte des marqueurs viraux alimentaires qui servent d'indicateurs de qualité nutritionnelle.

Lorsque nous pensons aux virus, nous pensons généralement à la grippe ou aux infections. Cependant, votre intestin abrite des milliards de virus essentiels à votre santé. Ces organismes constituent la soi-disant "Matière Noire" du microbiome, en raison de leur grande méconnaissance et de leur complexité. Les principaux composants que nous analysons sont :

• Bactériophages (Phages) : Ce sont les "prédateurs" naturels des bactéries. Ils agissent comme un système de contrôle de qualité, infectant et éliminant des bactéries spécifiques si elles prolifèrent trop. Un virome diversifié suggère un écosystème bactérien dynamique et bien contrôlé.
• Virus Végétaux : Le plus célèbre est le Pepper Mild Mottle Virus (PMMoV). C'est un virus qui infecte les poivrons et les piments. Il n'affecte pas les humains, mais le trouver dans votre échantillon est un excellent signe : cela montre que vous mangez de vrais légumes et pas seulement des produits transformés.

Bien qu'ils n'infectent pas vos cellules, le virome a un impact indirect mais profond sur votre physiologie :

• Régulation de l'Écosystème (Modèle Prédateur-Proie) : Les phages empêchent qu'une seule espèce bactérienne ne domine l'intestin. Si une bactérie prolifère de manière incontrôlée, ses phages spécifiques se multiplient et réduisent sa population, maintenant ainsi la biodiversité.
• Transfert de Gènes : Les virus peuvent transporter des gènes d'une bactérie à une autre. Cela peut être bénéfique (en transférant des capacités métaboliques) ou préjudiciable (en transférant des gènes de résistance aux antibiotiques), c'est pourquoi le suivi du "virome" est essentiel pour la sécurité clinique.
• Immunité Trans-Règne : Des recherches récentes suggèrent que certains phages peuvent adhérer à la couche muqueuse de l'intestin, formant une barrière défensive qui protège le tissu humain contre l'invasion bactérienne.

L'étude du virome représente la frontière technique de la métagénomique. Contrairement aux bactéries (qui ont le gène 16S) ou aux champignons (ITS), les virus ne partagent pas de gène marqueur universel, ce qui rend impossible leur détection par des tests conventionnels. Seule la Shotgun deep sequencing permet de récupérer leurs séquences génétiques.

Notre pipeline bioinformatique utilise des bases de données virales spécialisées pour filtrer d'abord l'ADN humain et bactérien. Par la suite, nous identifions les séquences virales par homologie avec des familles connues (Siphoviridae, Myoviridae, Podoviridae) et des virus spécifiques "cryptiques" de haute prévalence humaine, tels que le crAssphage (présent chez 50% de la population mondiale et marqueur de contamination humaine) et le PMMoV (marqueur diététique). La présence/absence et l'abondance relative de la fraction virale mappable sont rapportées.