Yleinen resistomi

Tämä markkeri arvioi resistoomiasi, eli suolistoekosysteemisi DNA:ssa esiintyvien antibioottiresistenssigeenien täydellistä luetteloa. Korkean kuorman resistooman omistaminen tarkoittaa, että suolistostasi on tullut "reservi" tai superbakteerien varasto. Vaikka nämä bakteerit eivät aiheuttaisikaan sinulle sairautta tällä hetkellä, ne edustavat hiljaista kliinistä riskiä: jos sairastut tulevaisuudessa infektioon, tavanomaiset lääkehoidot voivat epäonnistua.

Mikro-organismit ovat olleet sodassa keskenään miljoonien vuosien ajan, käyttäen luonnollisia antibiootteja aseina. Selviytyäkseen näistä hyökkäyksistä ne kehittivät "biologisia kilpiä": antibioottiresistenssigeenejä (ARG).

Nykyaikainen ongelma on, että antibioottien yleinen käyttö lääketieteessä on tehnyt ihmisen suolistosta resistenssien varaston. Joka kerta kun otat laajakirjoisen antibiootin, tuhoat haavoittuvia bakteereita, mutta valitset vahingossa ne, joilla on selviytymisgeenit.

Hälyttävin asia on, että bakteereilla on kyky, jota ihmisillä ei ole: geenien horisontaalinen siirto. Jos suolistossasi oleva vaaraton bakteeri sisältää geenin, joka tekee sen penisilliinille resistentiksi, se voi "kopioida" kyseisen geenin ja antaa sen invasiiviselle taudinaiheuttajabakteerille (kuten aggressiiviselle E. colille), aseistaen sen ja tehden siitä haavoittumattoman tietyille antimikrobisille hoidoille.

Resistomasi kuormitus ei vaikuta päivittäiseen ruoansulatukseesi, mutta se on elintärkeä merkki lääketieteelliselle ja epidemiologiselle turvallisuudellesi:

• Tulevaisuuden Terapeuttinen Epäonnistuminen: Jos kehittyy infektio ja aiheuttaja-bakteeri saa suolistostasi tietyt resistenssigeenit, lääkärisi määräämät ensilinjan antibiootit eivät ehkä toimi, pidentäen tautia ja sen riskejä.
• Kirurgiset Komplikaatiot: Suuren resistomakuormituksen omaavilla ihmisillä on tilastollisesti suurempi riski sairastua vakaviin ja hoitamattomiin infektioihin tavallisten leikkausten tai immuunijärjestelmää heikentävien hoitojen (kuten kemoterapian) jälkeen.
• Hiljainen Tartunta: Saatat olla oireeton kantaja. Voit tartuttaa näitä "superbakteereita" kanssaihmisillesi haavoittuvissa oleville ihmisille (pienet lapset, vanhukset tai immuunipuutteiset perheenjäsenet) päivittäisen kontaktin kautta.

Resistomin arviointi on yksi metagenomisen Shotgun-sekvensoinnin edistyneimmistä ja ainutlaatuisimmista sovelluksista. Perinteiset testit (kuten petrimaljakylvöt) voivat havaita vain yhden bakteerin resistenssin kerrallaan, kunhan se kasvaa laboratoriossa. Metagenomiikka sen sijaan skannaa kaiken näytteessä olevan DNA:n.

Bioinformatiikkaputkimme kartoittaa miljoonia geenilukemia antibioottiresistenssigeenien tietokantaa vasten. Kvantifioimme moniin lääkeluokkiin resistenssiä antavien geenien suhteellisen runsauden, mukaan lukien: Beetalaktaamit (penisilliinit, kefalosporiinit), tetrasykliinit, makrolidit, aminoglykosidit, fluorokinolonit jne.

Raportti kuvaa yksityiskohtaisesti jokaisen antibioottiluokan geenikuormaa. Korkea tulos tietyssä luokassa on tärkeää tietoa, jota voit jakaa lääkärisi kanssa ennen antibioottihoitoa. Kliininen interventio erittäin kuormittuneen resistomin tapauksessa ei tarkoita useampien lääkkeiden ottamista, vaan päinvastoin: antibioottien empiirisen käytön välttämistä aina kun mahdollista ja aggressiivisten probioottien käyttöstrategioiden soveltamista resistenttien kantojen syrjäyttämiseksi.