Patogeenien ja loisten paneeli

Tämä merkkiaine on suolistosi ekosysteemin "kliininen turvallisuusskanneri". Hyödyntämällä Shotgun Metagenomiikan tehoa, tämä paneeli jäljittää DNA:tasi hiljaisten tunkeilijoiden varalta: korkean tartuntapotentiaalin bakteereista eukarioottimikro-organismeihin, kuten suolistoloiset. Näiden patogeenien havaitseminen ajoissa on ensimmäinen olennainen askel kroonisen tulehduksen, selittämättömän väsymyksen ja ruoansulatusvaivojen ratkaisemiseksi, jotka usein sekoitetaan ärtyvän suolen oireyhtymään (IBS).

Terveessä suolistossa suojaavat bakteerit täyttävät kaiken käytettävissä olevan tilan ja muodostavat suojakilven (kolonisaatiovastuksen), joka estää tunkeilijoita asettumasta sinne.

Kun kuitenkin kärsit stressistä, käytät antibiootteja tai altistut saastuneille elintarvikkeille tai vedelle, tämä suojakilpi murtuu. Silloin tietyt mikro-organismit käyttävät tilaisuutta hyväkseen ja alkavat lisääntyä:

• Patobiontit: Ne ovat bakteereja, jotka elävät normaalisti suolistossasi hyvin pieninä ja vaarattomina määrinä, mutta jotka lisääntyessään hallitsemattomasti muuttuvat aggressiivisiksi ja aiheuttavat vahinkoa (esim. tietyt Escherichia coli- tai Clostridioides difficile-kannat).
• Loiset: Ne ovat monimutkaisempia organismeja (eukaryooteja), joiden ei pitäisi asua elimistössäsi. Ne pääsevät elimistöön suun kautta ja kiinnittyvät suolen seinämiin, missä ne syövät ravintoaineitasi ja tuottavat toksiineja.

Toisin kuin perinteiset viljely- tai perus-DNA-testit (16S), jotka pystyvät tunnistamaan vain yleisiä bakteereja, teknologiamme lukee koko näytteen DNA:n. Tämä mahdollistaa virulenttien bakteerien ja loisten genomien tarkan tunnistamisen.

Patogeenien ja loisten aktiivinen esiintyminen aiheuttaa systeemisiä seurauksia, jotka ulottuvat paljon pidemmälle kuin pelkkä ruoansulatushäiriö:

• Imitatio ärtyneen suolen oireyhtymästä (IBS): Monilla kroonista ärtyneen suolen oireyhtymää sairastavilla henkilöillä on todellisuudessa lieviä loistartuntoja (kuten Blastocystis tai Giardia) tai bakteerien liikakasvua. Niiden poistaminen ratkaisee yleensä krooniset ripuli-, ilmavaivat ja vatsakivut.
• Ravintoaineiden varastaminen ja väsymys: Suolistoloiset kilpailevat kirjaimellisesti kanssasi ruoastasi. Ne kuluttavat yleensä rautaa, B12-vitamiinia ja muita mikroravinteita ennen kuin sinä ehdit imeä niitä, mikä selittää kroonisen väsymyksen ja ravintolisillä hoidettavissa olevan anemian.
• Suoliston esteen vaurioituminen (Leaky Gut): Sekä patobionttien toksiinit että joidenkin loisten fyysiset koukut tuhoavat suolistosi limakalvoa. Tämä aiheuttaa suoliston läpäisevyyden (”leaky gut”), joka sallii sulamattomien molekyylien pääsyn verenkiertoon, mikä laukaisee ruoka-aineallergioita, nivelkipuja ja vakavia autoimmuunireaktioita.

Patogeenien ja loisten paneeli hyödyntää metagenomiikan Shotgun-menetelmän korkeimman resoluution bioinformatiikka-putkea. Sen sijaan, että etsittäisiin yksittäisiä lajeja, järjestelmä kartoittaa miljoonia sekvensoituja DNA-fragmentteja referenssigenomien tietokantoja vastaan.
Algoritmi auditoi useiden uhkien läsnäolon ja kvantifioi niiden suhteellisen runsauden, mukaan lukien:

1. Eukaryootit loiset: Havaitsee yleisten alkueläinten ja matojen DNA:ta, kuten Blastocystis hominis, Giardia intestinalis (lamblia), Entamoeba histolytica, Cryptosporidium spp. ja Dientamoeba fragilis.
2. Patogeeniset ja patobiontiset bakteerit: Tunnistaa tunnettuja virulenssitekijöitä sisältävien kantojen kuormituksen, kuten Helicobacter pylori, Clostridioides difficile, Campylobacter jejuni, Salmonella enterica ja patogeeniset E. coli -kannat.

Tämän merkkiaineen negatiivinen tulos osoittaa, että patogeenisiä ja loiseliöitä ei havaita, tai natiiveja patobiontteja löytyy vaarattomilla perustasoilla, joita kommensaalinen mikrobisto hallitsee. Kuitenkin, jos havaitaan merkittävä runsaus yhtä tai useampaa patogeenista tai loistaudeista aiheuttavaa lajia, joka ylittää turvallisuuskynnyksen, tämä paneeli on kriittistä tietoa. Raportti voidaan jakaa terveydenhuollon ammattilaisen kanssa arvioimaan kohdennetun mikrobilääke- tai loislääkehoidon tarvetta ja sen jälkeen kilpailevan bakteerikannan häätämiseen tähtäävää probioottihoitosuunnitelmaa uudelleentartunnan estämiseksi.