Yksityiskohtainen viruskoostumus

Suolistoviromi on kokoelma kaikista suolistossasi olevista viruksista.

Sen sijaan, että ne olisivat merkki sairaudesta, ylivoimainen enemmistö näistä viruksista on bakteerifageja ("bakteerinsyöjiä"), jotka eivät tartuta ihmisen soluja, vaan säätelevät bakteerikantoja.

Tämä analyysi arvioi näiden säätelyagenttien monimuotoisuutta ja tunnistaa ravinnosta peräisin olevia virusmerkkiaineita, jotka toimivat ravintoarvon indikaattoreina.

Kun ajattelemme viruksia, ajattelemme usein flunssaa tai infektioita. Suolistossasi on kuitenkin biljoonia viruksia, jotka ovat olennaisia terveydellesi. Nämä organismit muodostavat mikrobiomin "pimeän aineen", koska niitä tunnetaan huonosti ja ne ovat monimutkaisia. Analysoimamme pääkomponentit ovat:

• Bakteerifagit (fagit): Ne ovat bakteerien luonnollisia "saalistajia". Ne toimivat laadunvalvontajärjestelmänä, infektoivat ja tuhoavat tiettyjä bakteereja, jos ne kasvavat liikaa. Monimuotoinen viromi viittaa dynaamiseen ja hyvin kontrolloituun bakteeriekosysteemiin.
• Kasvivirukset: Tunnetuin on Pepper Mild Mottle Virus (PMMoV). Se on virus, joka infektoi paprikoita ja chilejä. Se ei vaikuta ihmisiin, mutta sen löytyminen näytteestäsi on erinomainen merkki: se osoittaa, että syöt todellisia vihanneksia etkä vain prosessoituja tuotteita.

Vaikka ne eivät infektoi solujasi, viromilla on epäsuora mutta syvällinen vaikutus fysiologiaasi:

• Ekosysteemin säätely (saalistaja-saalis -malli): Faagit estävät yhtä bakteerilajia valtaamasta suolistoa. Jos bakteeri lisääntyy hallitsemattomasti, sen spesifiset faagit lisääntyvät ja vähentävät sen populaatiota ylläpitäen monimuotoisuutta.
• Geeninsiirto: Virukset voivat siirtää geenejä bakteerista toiseen. Tämä voi olla hyödyllistä (siirtämällä aineenvaihduntakykyjä) tai haitallista (siirtämällä antibioottiresistenssigeenejä), joten "viroman" seuranta on avainasemassa kliinisessä turvallisuudessa.
• Valtakunnan ylittävä immuniteetti: Viimeaikaiset tutkimukset viittaavat siihen, että jotkin faagit voivat tarttua suoliston limakerrokseen muodostaen puolustavan esteen, joka suojaa ihmiskudosta bakteeri-invaasiolta.

Viromin tutkimus edustaa metagenomiikan teknistä eturintamaa. Toisin kuin bakteereilla (joilla on 16S-geeni) tai sienillä (ITS), viruksilla ei ole yhteistä universaalia geenimarkkeria, mikä tekee niiden havaitsemisen mahdottomaksi tavanomaisilla testeillä. Vain syvä Shotgun-sekvensointi mahdollistaa geneettisten sekvenssien talteenoton.

Bioinformaatioputkemme käyttää erikoistuneita virustietokantoja ensin ihmisen ja bakteerien DNA:n suodattamiseen. Tämän jälkeen tunnistamme virussekvenssit homologian perusteella tunnettuihin heimoihin (Siphoviridae, Myoviridae, Podoviridae) ja ihmisissä yleisiä erityisiä "kryptisiä" viruksia, kuten crAssphage (jota esiintyy 50 %:lla maailman väestöstä ja joka on ihmisen saastumisen merkki) ja PMMoV (ravintomarkkeri). Raportoidaan kartoitetun virusfraktion läsnäolo/puuttuminen ja suhteellinen runsaus.