詳細なウイルス組成

腸内ウイルス叢は、あなたの腸内に存在するすべてのウイルスの集まりです。

病気の兆候であるどころか、これらのウイルスの大多数はバクテリオファージ（「細菌を食べるもの」）であり、ヒト細胞に感染するのではなく、細菌の個体数を調節しています。

この分析は、これらの調節因子の多様性を評価し、栄養品質の指標となる食事由来のウイルスマーカーを検出します。

ウイルスというと、インフルエンザや感染症を思い浮かべがちです。しかし、あなたの腸内には、健康に不可欠な何兆ものウイルスが生息しています。これらの生物は、その未知の領域と複雑さから、マイクロバイオームの「ダークマター」と呼ばれるものを形成しています。私たちが分析する主な構成要素は以下の通りです。

• バクテリオファージ（ファージ）：バクテリアの天然の「捕食者」です。バクテリアが過剰に増殖した場合、特定のバクテリアに感染して排除することで、品質管理システムとして機能します。多様なビロームは、ダイナミックでよく管理されたバクテリアのエコシステムを示唆します。
• 植物ウイルス：最も有名なのはペッパーマイルドモトルウイルス（PMMoV）です。これはピーマンや唐辛子に感染するウイルスです。人間には影響しませんが、あなたのサンプルにこれが見つかるのは素晴らしい兆候です。それは、あなたが加工食品だけでなく、本物の野菜を食べていることを示しています。

細胞に感染することはありませんが、ウイルスームは間接的かつ深遠な影響をあなたの生理機能に与えます。

• 生態系の調節（捕食者-被食者モデル）：バクテリオファージは、単一の細菌種が腸を支配するのを防ぎます。細菌が制御不能に増殖すると、それに対応するファージが増殖し、その個体数を減らし、多様性を維持します。
• 遺伝子伝達：ウイルスは、ある細菌から別の細菌へ遺伝子を運ぶことができます。これは有益である場合（代謝能力を伝達するなど）もあれば、有害である場合（抗生物質耐性遺伝子を伝達するなど）もあるため、「ウイルスーム」の監視は臨床的安全性にとって重要です。
• 王国を越えた免疫：最近の研究では、一部のファージが腸の粘液層に付着し、細菌の侵入から人間の組織を保護する防御バリアを形成できることが示唆されています。

ウイルスゲノムの研究は、メタゲノミクスの技術的フロンティアを表しています。細菌（16S遺伝子を持つ）や真菌（ITS）とは異なり、ウイルスは普遍的なマーカー遺伝子を共有していないため、従来の検査では検出できません。ディープショットガンシーケンシングのみが、その遺伝子配列を回収することを可能にします。

私たちのバイオインフォマティクスパイプラインは、特殊なウイルスデータベースを使用して、まずヒトおよび細菌DNAをフィルタリングします。その後、既知のウイルス科（Siphoviridae、Myoviridae、Podoviridae）およびヒトへの感染率が高く「隠れた」特定のウイルス、例えばcrAssphage（世界人口の50％に存在し、ヒト汚染のマーカー）やPMMoV（食事マーカー）との相同性によってウイルス配列を同定します。マッピング可能なウイルス画分の有無および相対的な豊富さが報告されます。