Composizione Virale Dettagliata

Il Viroma Intestinale è la collezione di tutti i virus presenti nel tuo intestino.

Lungi dall'essere un segnale di malattia, la stragrande maggioranza di questi virus sono batteriofagi ("divoratori di batteri") che non infettano le cellule umane, ma regolano le popolazioni batteriche.

Questa analisi valuta la diversità di questi agenti regolatori e rileva marcatori virali dietetici che servono come indicatori di qualità nutrizionale.

Quando pensiamo ai virus, solitamente pensiamo all'influenza o alle infezioni. Tuttavia, il tuo intestino ospita miliardi di virus essenziali per la tua salute. Questi organismi costituiscono il cosiddetto "DNA oscuro" del microbioma, a causa della loro grande oscurità e complessità. I componenti principali che analizziamo sono:

• Batteriofagi (Fagi): Sono i "predatori" naturali dei batteri. Agiscono come un sistema di controllo qualità, infettando ed eliminando batteri specifici se questi crescono troppo. Un viroma diversificato suggerisce un ecosistema batterico dinamico e ben controllato.
• Virus Vegetali: Il più famoso è il Pepper Mild Mottle Virus (PMMoV). È un virus che infetta peperoni e peperoncini. Non colpisce gli esseri umani, ma trovarlo nel tuo campione è un ottimo segno: dimostra che mangi verdure vere e non solo processate.

Anche se non infettano le tue cellule, il viroma ha un impatto indiretto ma profondo sulla tua fisiologia:

• Regolazione dell'Ecosistema (Modello Predatore-Preda): I fagi impediscono che una singola specie batterica domini l'intestino. Se un batterio cresce in modo incontrollato, i suoi fagi specifici si moltiplicano e ne riducono la popolazione, mantenendo la biodiversità.
• Trasferimento di Geni: I virus possono trasportare geni da un batterio all'altro. Questo può essere benefico (trasferendo capacità metaboliche) o dannoso (trasferendo geni di resistenza agli antibiotici), quindi monitorare il "viroma" è fondamentale per la sicurezza clinica.
• Immunità Trans-Regno: Recenti ricerche suggeriscono che alcuni fagi possono aderire allo strato mucoso dell'intestino, formando una barriera difensiva che protegge il tessuto umano dall'invasione batterica.

Lo studio del viroma rappresenta la frontiera tecnica della metagenomica. A differenza dei batteri (che hanno il gene 16S) o dei funghi (ITS), i virus non condividono un gene marcatore universale, il che rende impossibile rilevarli con test convenzionali. Solo il sequenziamento Shotgun profondo permette di recuperare le loro sequenze genetiche.

La nostra pipeline bioinformatica utilizza database virali specializzati per filtrare prima il DNA umano e batterico. Successivamente, identifichiamo le sequenze virali tramite omologia con famiglie note (Siphoviridae, Myoviridae, Podoviridae) e virus specifici "criptici" ad alta prevalenza umana, come il crAssphage (presente nel 50% della popolazione mondiale e marcatore di contaminazione umana) e il PMMoV (marcatore dietetico). Vengono riportati la presenza/assenza e l'abbondanza relativa della frazione virale mappabile.